شارك فى واحدة من اكبر التجارب العلمية فى العالم Folding@Home

Standard

السلام عليكم و رحمة الله و بركاته

دى ان شاء الله اول مشاركة علمية فى الجروب ده و باذن الله هتكون مقدمة لحاجات تانية كتير

اسم التجربة اللى هنتكلم عنها

Folding@Home

  • معلومات عن التجربة:

الجهة المسئولة : كلية طب جامعة ستانفورد Stanford Stanford School of Medicine
الرعاة :
التمويل :

National Science Foundation    National Institutes Of Health

Google    Dell

Apple    Intel

التطوير البرمجي :

AMD ATI    NVIDIA

تاريخ بدء التجربة : 1 أكتوبر 2000

طب تمام

دى معلومات عامة عن التجربة

  • طبيعة التجربة :

التجربة دى بتعمل ايه ؟

فيه ظاهرة طبية علمية اسمها Protein Folding دى عبارة عن ايه ؟

البروتينات عشان تتكون و تادى وظائفها بعد كده مش بتتخلق جاهزة على طول

البروتين الاول بيكون عبارة عن شريط طويل مفرود (الجزء الايسر من الصورة) و بعد كده بيبدا يلف حوالين نفسه فى عملية تسمى folding عشان يبدا يتكون (الجزء الايمن من الصورة)

Protein foldingو حسب بقى الشكل الناتج عن عملية الfolding البروتين بيحدد وظيفته

و دى امثلة عن بعض اشكال البروتينات بعد الfolding

Protein structure

العملية او الجزء ما بين الحالة الغير مستقرة للبروتين و الحالة المستقرة folded دى تهم الاطباء و علماء الاحياء جدا

ليه ؟

لان المرحلة دى ممكن تكون السبب فى بعض الامراض اللى مش معروفلها سبب لغاية دلوقتى (فى حالة ان البروتين عمل misfolding او كون الstructure بتاعته بطريقة غلط) زى الزهايمر  Alzheimer   و امراض تانية كتير زى Huntington  و Cancer  و Osteogenesis imperfecta  و كمان غير انهم ممكن يعرفوا اسباب الامراض دى ممكن كمان من خلال فهمهم للى بيحصل فى عملية الfolding يعملوا ادوية جديدة و فعالة للامراض دى

طب عشان يفهموا العملية دى شغالة ازاى المفروض يعملوا ايه ؟

المفروض يراقبوا تكوين البروتين و مكوناته و هى بتتجمع بس الموضوع ده صعب متابعته فى الواقع لان العملية ممكن تحصل فى اجزاء من الثانية (milliseconds يعني جزء من الف من الثانية) ده غير ان تركيب البروتين نفسه معقد و بالتالى احتمالات الاشكال اللى ممكن ياخدها كتير جدا

فاللى قايمين على المشروع فى كلية طب جامعة ستانفورد قرروا يعملوا simulation للموضوع و يغذوا البرنامج بكل البيانات عن البروتينات و طريقة الfolding و هو يعمل محاكاة للى بيحصل و يطلع كل احتمالات الfolding الممكنة

المشكلة ان عشان يعملوا برنامج زى كده محتاجين supercomputer بقدرة معالجة عالية جدا عشان يقدر يشتغل بسرعة و بكفاءة لان كمية البيانات كبيرة جدا جدا جدا

مشكلة الsupercomputer انه غالى و مكلف و صيانته بالتالى مكلفة

فعشان كده فكروا يستخدموا تكنولوجيا الDistributed Computing

  • Distributed Computing

الفكرة فى الdistibuted computing انه بيبقى سيستم واحد متوزع على اجهزة كتير جدا مش لازم تكون فى نفس المكان

و السيستم بيوزع التاسكات اللى عاوزة تتعمل على الاجهزة دى و كل ما واحد يخلص التاسك بتاعته يبعت النتيجة للسيستم الرئيسي و السيستم يديله تاسك جديدة

و هنا ييجي بقى دورى و دورك و دوركم كلكم

Folding@Home

هو برنامج عملته الكلية بالاشتراك مع شركات ATI و NVIDIA و هى شركات معروفة جدا فى تصنيع كروت الشاشة

Folding@Homeالبرنامج بيعمل ايه ؟

بكل بساطة بتنزله عندك و تستبه

و البرنامج اوتوماتيك بيتسجل فى مشروع من ضمن المشاريع اللى عند السيرفر الرئيسي

يعني ايه ؟

يعني مثلا لما ستبته عندى دخل فى المشروع رقم 8004 ده المشروع الخاص بحاجة معينة اسمها B1 IgG binding domain of peptostreptococcal protein

يعني المشروع ده بيدرس عملية الfolding الخاصة بالبروتين ده بالذات

بعد كده فيه حاجة اسمها work units

السيرفر بيديني جزء من الداتا او البيانات الخاصة بالبروتين ده عشان البرنامج اللى عندى يشتغل عليها

و بعد ما البرنامج يخلص processing يبعت نتيجة البيانات دى للسيرفر و ياخد تاسك جديدة تبع نفس المشروع و هكذا

عشان تعرفوا اد ايه البرنامج ده بينجز معاهم انا عندى تاسك واحدة شغالة بقالها 12 ساعة متواصلة تقريبا و لسه 80% 😀

التاسك دى جزء صغير جدا من المشروع 8004 اللى هو مشروع من ضمن مشاريع كتير تانية ماسكة بروتينات تانية

فتخيل بقى كانوا محتاجين supercomputer تمنه كام عشان يخلصوا كل الشغل ده لوحدهم

الجزء الجميل بقى انهم عاملين حتة تنافسية

انك ممكن تعمل لنفسك username و password بحيث يعدلك عدد الunits اللى انت اشتغلتها و يديك score عليها

ده الusername بتاعى Ahmedn1

و ممكن تكون فرق انت و اصحابك او انت و الناس اللى شغالة من نفس البلد لو عرفتوا تتقابلوا على المنتدى بتاعهم

و عاملين كمان certificate لكل فريق متسجل فيها الشغل اللى عملوه

و ده لينك الفريق اللى انا تبعه Team 1   و ده شكل الcertificate

  • النتيجة

فى الاخر انا حبيت احط الموضوع ده عشان الناس تشارك

فيه جزء فى البرنامج اسمه 3D view بيجيبلك شكل جزيئات البروتين فى شكل ثلاثي الابعاد و وراها خريطة العالم و عليها باين كل الاجهزة اللى مستبة البرنامج ده عندها و شغالة بيه

لو بصيتوا على الجزء بتاع العرب و خاصة مصر هتلاقوا ان احنا قليلين اوى اوى اوى و تقريبا ما فيش مشاركة مقارنة باجزاء تانية من العالم

تانى حاجة حبيت اوضحها
و هى الهدف من المدونة دى

انا لما قلت فى البوست الافتتاحية   انى عاوز العرب يبقى عندهم اهتمام بالعلم ماكانش قصدي ان كل واحد يبقى عارف كل حاجة فى العلوم و لو وقفت واحد فى الشارع قلتله تعرف ايه عن النسبية يشرحهالى بمعادلاتها و بنظرياتها بكل حاجة

لا انا قصدي نبقى عندنا شغف العلم اللى هو ان احنا نبقى حابين اننا نعرف حاجة عن كل حاجة

يعني انا مالى انا بالprotein folding انا واحد بتاع computer science هستفيد ايه انا بالكلام ده ؟

ده بتاع طب هو اللى يهمه الحاجات دى

لو بصيتوا على المشاركات فى الدول المتقدمة هتلاقوا ناس كتير اوى مالهاش فى الموضوع بس مجرد معلومات عامة عرفوها زيادة على معرفتهم

مجرد الاحساس انهم مشاركين فى حاجة كبيرة جدا

يعني انا لو واحد سالنى عن الfolding الكلام اللى انا قلته فى البوست دى مش هياخد منى خمس دقايق و خلاص هو ده كل اللى اعرفه عنه

هو ده الغرض

مجرد معلومات عامة فى جميع مجالات العلوم

انا لو سالت واحد تعرف ايه عن النسبية و قالى نظرية لاينشتاين ليها علاقة بالزمان و المكان و سكت خلاص انا مش عاوز اكتر من كده بس حسيت ان فيه واحد مهتم بالعلم

عاوز يعرف عاوز يتعلم

يعني انا لسه مستب البرنامج ده النهارده و متضايق اوى انه شغال بقاله اكتر من 12 سنة و انا لسه سامع عنه النهارده

و فى نفس الوقت فخور انى جزء من حاجة كبيرة زى دى ممكن فى يوم من الايام تطلع علاج للزهايمر و امراض تانية

حاجة كمان انكو هتلاحظوا دور الجامعات برة مش تدريس زى ما هو بحث علمى و ده اللى نفسي نفهمه

الدكتور او المعيد الجامعى برة بيتقيم بابحاثه و شغلته الاساسية هى البحث العلمى مش التدريس

كمان التمويل هتلاقوا منظمات كتير بتساهم بتمويل و ممكن انتو كمان تدخلوا الموقع و تتبرعوا باى فلوس و ده يدل ان الناس دى عارفين ان العلم هو احسن استثمار للفلوس

يعني مثلا شركة جوجل هتستفيد ايه لما تمول بحث علمى فى مجال الطب اللى هو ابعد ما يكون عندها

ده لسبب بسيط جدا انهم مدركين اهمية العلم و الناس دى ماعندهاش ادنى مانع انها تمول ابحاث علمية هتفيد البشرية حتى لو مش هتفيدهم هما بشكل مباشر

على العموم ده لينك البرنامج ممكن تنزلوه و تبتدوا تساهموا انتو كمان

http://folding.stanford.edu/English/HomePage

  • ملاحظات

لما تيجوا تستبوا البرنامج فيه جزء بيطلب فيه الpreferred mode

اختاروا Uniprocessor لو عندكوا بروسيسور اقل من core 2 duo يعني الPentium  و الdual core

SMP لو عندكوا core 2 duo  على الاقل يعني برضه اى حد core i3  او core i5 و انت طالع

GPU اى حد عنده كارت الشاشة بتاعه البروسيسور اللى فيه GPU و دى ممكن يعرفها من الموقع بتاع كارت الشاشة بتاعه

SMP & GPU دى لو حد جهازه عالى شوية و عنده الاتنين

على العموم لو اخترتوا اختيار مش مناسب لامكانيات جهازكم هو البرنامج بيظبطها اوتوماتيك لوحده بعد كده

بس انا بوضح بس عشان البرنامج ما يبقاش تقيل عند حد لان الاختيار ده مش هتعرف تغيره بعد كده لازم بقى تشيل البرنامج و تستبه من اول و جديد

  • المراجع

http://folding.stanford.edu/English/HomePage

http://en.wikipedia.org/wiki/Folding@home

http://en.wikipedia.org/wiki/Osteogenesis_imperfecta

http://en.wikipedia.org/wiki/Cancer

http://en.wikipedia.org/wiki/Huntington%27s_disease

http://en.wikipedia.org/wiki/Alzheimer%27s_disease

http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_folding

Advertisements

8 thoughts on “شارك فى واحدة من اكبر التجارب العلمية فى العالم Folding@Home

  1. جميل قوى يا احمد الشرح البسيط بتاعك ده وبداية موفقة
    واكثر حاجة عجبانى الموضوع والتجربة دى موضوع المشاركة
    وان كل واحد بيشارك بالى يقدر عليه دون مقابل المقابل الوحيد احساسه بأنه بيعمل حاجة ممكن قدام تساعد فى العلم وفى اكتشاف حاجة اكيدة

  2. fatma rabee

    استاذ احمد حضرتك قلت انك شغلته 12ساعه فى اليوم ومع ذلك لم ينتهى بعد/يعنى انا لوبدات وشغلته ممكن اشغله ساعتين فقط وبعدين اغلقه وبعدين افتحه بعد شويه

    • اه لا براحتك خالص
      على فكرة البرنامج بيستخدم ال
      idle processing resources
      يعني لما البروسيسور يكون متاح بس بيشتغل فمش لازم يشتغل طول الوقت ممكن تطفيه و تشغليه براحتك

      هتلاقي عندك زرار اسمه pause
      ده بيوقف العملية اللى شغالة
      و لما تشغليه تانى هتعملى Fold

      بس كده

  3. آلاء

    شكرا جزيلا يا بشمهندس
    استفسار فقط بعد التسطيب الحمد لله لا يوجد أى progress ولا حتى بعد الضغط على Fold
    ؟؟

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s